Perpustakaan Universitas Kristen Indonesia berdiri sejak akhir tahun 1986, dimulai dari cikal bakal perpustakaan fakultas ekonomi yang saat itu hanya 3 orang karyawan, dengan motto ”Melayani Bukan Dilayani” hingga sekarang perpustakaan Universias Kristen Indonesia melayani civitas akademika pada 2 (dua) lokasi, yaitu : kampus Cawang dan kampus Diponegoro no.84-86, Jakarta Pusat.
Sejarah yang melatarbelakangi adanya dua kampus tersebut adalah, pertama kali Universitas Kristen Indonesia didirikan pada tanggal 15 Oktober 1953, berlokasi di jalan Diponegoro Jakarta Pusat. Kemudian seiring dengan perkembangan universitas diperlukan pula perluasan kampus.
Upaya untuk mendapatkan tanah yang lebih luas di Cawang, Jakarta Timur bertujuan agar semua kegiatan fakultas dapat dipusatkan kedalam satu kampus yang representatif.
Usaha itu telah berhasil pada tahun 1971, Universitas Kristen Indonesia pada mulanya mempunyai 6 (enam) perpustakaan fakultas yaitu : perpustakaan fakultas ekonomi, hukum, FKIP, sastra, teknik dan kedokteran. Kemudian satu persatu perpustakaan tersebut meleburkan diri berintegrasi ke dalam perpustakaan pusat, yaitu diawali oleh perpustakaan fakultas ekonomi.
Usaha untuk sentralisasi berjalan dengan lancer, tentu saja semua itu berkat kerja keras yang tak mengenal lelah. Keterbatasan waktu, ruang dan tenaga serta dana merupakan asalan utama bagi perpustakaan pusat UKI sehingga saat ini belum siap menerima integrasi perpustakaan fakultas kedokteran, walaupun Dekan fakultas kedokteran telah mendesak untuk segera melaksanakan peleburannya ke dalam perpustakaan pusat UKI.
Rencananya dalam waktu yang tak lama lagi akan segera dilaksanakan sentralisasi perpustakaan fakultas kedokteran, namun segala kegiatan administrasinya berada di bawah perpustakaan pusat serperti halnya perpustakaan fakultas hukum di jalan Diponegoro, Jakarta Pusat.
